ويتربع مبنى المتحف، الذي يعد بحد ذاته تحفة فنية معمارية، على الجهة الغربية الشمالية من الحرم القدسي الشريف على مساحة ما يقارب ألفي متر مربع ويضم بين جدرانه الحجرية القديمة نسخا نادرة من المصحف الشريف ووثائق وأواني وأدوات استخدمت في السلم والحرب خلال تاريخ المدينة الحافل بالصراعات والحروب.

ويرى عرفات عمرو مدير المتحف الذي يحتاج الدخول إليه المرور عبر بوابة خشبية كبيرة أن المتحف "يشكل مرآة المدينة المقدسة".

وقال عمرو: "المتحف مبنى تاريخي يجسد فن العمارة الإسلامية بما فيها من أقواس وقناطر وقباب وشبابيك من الزجاج الملون والأبواب الخشبية الكبيرة".

وأضاف: "المبنى مؤلف من عدة قاعات لكل منها تاريخه وحكايته، وشهد على المراحل المختلفة التي عاشتها المدينة في الفترة المملوكية وما بعدها".

وأوضح أن المعروضات التي يشاهدها زوار المتحف هي بعض ما هو موجود من مقتنيات نفيسة تتيح إدارة المتحف للباحثين والأكاديميين الاطلاع عليها لمساعدتهم في دراساتهم المختلفة.             

ويمكن لزائر المتحف أن يشاهد مجموعة كبيرة من المصاحف النادرة بأحجام مختلفة كتبت يدويا بأنواع متعددة من الخطوط العربية وبعضها بحجم كبير.             

وتعرض في المتحف مجموعة الأبواب الكبيرة المشكلة من الخشب المغطى بالنحاس، إضافة إلى قطع خشبية وأخرى من السيراميك  مزخرفة من فترات مختلفة كانت تستخدم في تزيين سقف وجدران المسجد الأقصى.

ويتنقل زائر المتحف بين العديد من الأواني النحاسية الكبيرة، التي كانت تستخدم لطهي الطعام من أجل توزعيه على الفقراء، بالإضافة إلى المباخر الفضية.

ويشاهد زوار المتحف مجموعة واسعة من السيوف والخناجر والأسلحة النارية القديمة، إضافة إلى زي كامل لأحد المحاربين القدامى مؤلف من لباس معدني ودرع وسيف.

ويقدم المتحف مجموعة واسعة من الأختام التي كانت تستخدم خلال الفترة العثمانية، إضافة إلى العديد من النماذج للمسكوكات الإسلامية من الفترة الأموية وحتى العثمانية ومنها دنانير ذهبية وفضية ونحاسية.