وفيما يلي سرد تاريخي يستعرض بعض أهم الحوادث التي عانت منها الشركة في العقود الماضية.

كانت أولى حوادث مصر للطيران، خلال النصف الثاني من القرن العشرين، عندما تحطمت طائرة الرحلة رقم 763، وهي من طراز ماكدونيل دوغلاس بين القاهرة وعدن، في التاسع عشر من مارس عام 1972، ونجم عن الحادث مقتل 30 شخصا.

وفي 29 يناير 1973، تحطمت طائرة من طراز إليوشن خلال الرحلة رقم 741، بين القاهرة ونيقوسيا، في جبال كيرينيا القبرصية، مما أسفر عن مقتل 37 شخصا.

وفي الثالث والعشرين من أغسطس عام 1976، تعرضت الشركة لحادثها الإرهابي الأول، على متن الرحلة 321 المتوجهة من القاهرة إلى الأقصر، حيث تم اختطاف الطائرة وهي من طراز بوينغ 737، من قبل 3 إرهابيين، وانتهت عملية الاختطاف بسلام ولم يصب أحد بأذى.

بعد شهور قليلة، وتحديدا في الخامس والعشرين من ديسمبر 1976، تحطمت طائرة تابعة للخطوط المصرية من طراز بوينغ 707، خلال الرحلة رقم 864 بين القاهرة وبانكوك، وقتل جميع ركابها البالغ عددهم 71 شخصا.

وفي الثالث والعشرين من نوفمبر 1985، أجبر 3 خاطفين لطائرة من طراز بوينغ 737 خلال الرحلة 648 العائدة من أثينا إلى القاهرة، على الهبوط في مالطا، لتقتحم قوة عسكرية مصرية الطائرة، وتشتبك مع الخاطفين، مما أسفر عن مقتل 56 راكبا.

وتعد حادثة الرحلة رقم 990، في الحادي والثلاثين من أكتوبر 1999، الأكثر دموية، حيث قتل 217 شخصا في تحطم طائرة من طراز بوينغ 767 قبالة سواحل ولاية ماساتشوستس الأميركية بعد نحو ساعة من إقلاعها. واختلفت هيئتا السلامة الجوية المصرية والأميركية بشأن سبب الحادث.

وفي السابع من مايو 2002، اصطدمت طائرة من طراز بوينغ 737 أثناء قيامها بالرحلة رقم 843، المتجهة من القاهرة إلى تونس، بإحدى التلال المحيطة بالعاصمة التونسية، قبل الهبوط بدقائق، الأمر الذي أدى إلى مقتل 15 شخصا في الحادث.

وفي التاسع والعشرين من يوليو 2011، أصيب 7 أشخاص في اشتعال نار في قمرة قيادة طائرة من طراز بوينغ 777 في الرحلة 667 بين القاهرة إلى جدة، قبل إقلاعها.

وفي 29 مارس 2016، اختطف المصري سيف الدين مصطفى طائرة من طراز إيرباص إيه 320 أثناء قيامها بالرحلة الداخلية رقم 181 من الإسكندرية إلى القاهرة، وتوجه بها إلى قبرص، وانتهت الحادثة باستسلام الخاطف، وعدم إصابة أحد بأذى.