وأعلن المرشد العام للجماعة محمد بديع أن أي عضو بالجماعة إذا أراد الترشح فعليه أن يترشح مستقلا، وهو قرار لم يلتزم به أبو الفتوح الذى رأى أنه يمارس حقه السياسي وفقا للائحة تنظيم الإخوان المسلمين. إلا أن الجماعة نفسها عادت وخالفت قرارها بالدفع بخيرت الشاطر لسباق الرئاسة، ثم بالبديل الاحتياطي محمد مرسي.

يتضمن برنامج أبو الفتوح الانتخابي ستة محاور رئيسية: المحور الأول العمل السياسي والإصلاح المؤسسي، والثاني تفعيل المجتمع المدني وحماية الحريات، أما الثالث فهو البناء الاقتصادي والتنمية (المستقلة)، وجاء المحور الرابع ليشمل السياسات الاجتماعية (العادلة الفاعلة)، والمحور الخامس السياسة الخارجية (صناعة المكانة)، وأخيرًا المحور السادس الأمن الإنساني والقومي الشامل.

يذكر أن برنامج أبو الفتوح تضمن تعهدات بجعل الجيش المصري أقوى جيوش المنطقة، وتنويع مصادر تسليحه وعدم الاقتصار على السلاح الأميركي، وتعهد بأن يكون له نائبان من الشباب تحت 45 عاما وأن يشغل الشباب 50% من مناصب الدولة العليا، وبإجراء انتخابات للقيادات التنفيذية من المحافظين إلى العمد.

بينما يركز أبو الفتوح في تعهداته على فرض هيبة القانون والنظام وتحقيق الأمن الداخلي خلال 100 يوم، وعلى الالتزام بالشريعة الإسلامية فيما يقترح من قوانين.

ولد أبو الفتوح في حي الملك الصالح بمصر القديمة في 15 أكتوبر 1951 لأسرة جاءت إلى القاهرة من قرية قصر بغداد بكفر الزيات، محافظة الغربية. ولكن أصولها تنتمى لمحافظة المنوفية، وكان ترتيبه الثالث بين ستة إخوة كلهم ذكور.

حصل علي بكالوريس طب القصر العيني بتقدير جيد جدا، لكنه حرم من التعيين بسبب نشاطه السياسي، واعتقل لعدة أشهر ضمن اعتقالات سبتمبر ١٩٨١ الشهيرة، إلا أنه واصل تفوقه الدراسي وحصل على ماجستير إدارة المستشفيات من كلية التجارة في جامعة حلوان.

تميز أبو الفتوح في الجامعة بنشاطه واهتمامه بشؤون زملائه، فشغل منصب رئيس اتحاد طلبة كلية طب القصر العيني التي كانت في ذلك الوقت رائدة في العمل الإسلامي، ثم أصبح بعد ذلك رئيس اتحاد طلاب جامعة القاهرة، ومن ثم انضم لحركة الإخوان المسلمين وشغل منصب عضو مكتب الإرشاد بها منذ عام 1987 حتى 2009.

تناقش مع الرئيس أنور السادات مرة، حين شغل منصب رئيس اتحاد طلاب جامعة القاهرة، وقال للسادات إن من يعملون حوله هم مجموعة من المنافقين، متعللاً بمنع الشيخ محمد الغزالي من الخطابة، واعتقال طلاب تظاهروا في الحرم الجامعي.

عقب تخرجه شغل العديد من المناصب السياسية والنقابية، كان أحدها منصبه السابق أمينا عاما لنقابة أطباء مصر ومنصبه الحالي أمينا عاما لاتحاد الأطباء العرب.

كما امتد عمله العام إلى الشأن الإغاثي والإنساني من خلال رئاسته لجنة الإغاثة والطوارئ في اتحاد الأطباء العرب، التي أرسلت مساعدات طبية وإنسانية إلى ضحايا حادثة سيول أسوان وسيناء وكارثة الدويقة، كما قامت بتجهيز المستشفيات الميدانية في ميدان التحرير خلال الثورة المصرية، وتقديم معونات لضحايا الثورة الليبية ومجاعات الصومال، وتوفير المساعدات للبنان وقطاع غزة.

اعتقل أبو الفتوح في عهد الرئيس السابق حسني مبارك لمدة خمس سنوات بسبب نشاطه السياسي، حصل خلالها على ليسانس الحقوق من جامعة القاهرة.

اشتهر وسط القوى السياسية والعديد من أفراد الإخوان المسلمين بأنه من أكثرهم انفتاحا وجرأة وشراسة في معارضة الحكومة، وكان رائد جيل التجديد داخل الجماعة.

يقول الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح عن نفسه إنه ينتمي للفكر المحافظ الذي يجمع بين الليبرالية واليسارية، ويرفض أن يحسب بأنه ينتمي للفكر الإسلامي. وهو كما يقول، يقبل الرأي الآخر ويرفض أي تعد على الحريات الفردية.