وقضى المرسوم الجمهوري بتشكيل مجلس الأمن والدفاع، برئاسة الفريق أول ركن عبد الفتاح البرهان رئيس مجلس السيادة، وشمل كل أعضاء مجلس السيادة الانتقالي، إضافة إلى رئيس الوزراء والقائد العام للقوات المسلحة ووزراء الدفاع والداخلية والخارجية والعدل ووزير المالية والتخطيط الاقتصادي.

ويختص المجلس طبقا لتعميم صحفي الخميس، بإعداد سياسات الدفاع والأمن، واتخاذ وإصدار القرارات الملزمة لكل أجهزة الدولة فيما يتعلق بأمن ووحدة السودان. وفقا لوكالة الأنباء السعودية (واس)

 كما يختص بإصدار موجهات وثيقة السياسات الدفاعية، موجهات التخطيط لبناء وتطوير احتياجات وتأمين موارد القوات النظامية والأجهزة الأخرى، كما يوافق المجلس على المعاهدات والاتفاقيات ذات العلاقة بالأمن الوطني، ويعمل على توجيه السياسات الخارجية والتعاون الدولي بما يتوافق مع اهتمام الدفاع والأمن.

ومن ضمن مهامه كذلك التوصية لمجلس السيادة الانتقالي بإعلان التعبئة الكاملة أو الجزئية، والتوصية لمجلس السيادة بإعلان الحرب وفق أحكام الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية لسنة 2019.